石的技术，传说只有拉普达人才掌握着。
二人刚出矿井，就被军队的人抓住。
希达被带往要塞，在那里，一个叫穆斯卡的人给希达看一个巨大的机器人，说它是从天空之城掉下来的，凭我们地面现在的科技无法令它再启动。
当天晚上，希达念起祖辈所流传的寻求帮助的咒语，飞行石发出光茫，令机器人再次活过来。
活过来的长臂机器人为了保护希达，将整个堡垒变成火的海洋。
巴斯趁乱和海盗达成联盟，飞入要塞救出希达。
匆忙中，希达丢失了飞行石。
而穆斯卡得到了宝石，命军队按照宝石上圣光的指引，飞向天空之城。
另一方，海盗妈妈朵拉从希达的记述中算出了天空之城的方位，带着希达二人乘海盗飞艇全速前进。
即将到达之时，忽然前方出现龙卷风，他们和穆斯卡的舰艇又狭路相逢。
交战中，巴斯和希达的滑翔机被卷入龙卷风里。
这里是被上帝抛弃的领域，自然的恐怖与众神的愤怒在这里集结。
飞越浓重的黑暗，在纵横飞啸的电光中，穿过闪电的回廊，突破生与死的界限，命运之门再次敞开在少年的面前……
龙卷风的中心，正是传说中的飞岛“天空之城拉普达”。
那儿是寂静的天堂，长满植物和远古生物的家园，机器人默默守护着这个空中之城。
它外观为多层次圆形架构，最上层为温室花园和居住区以及天台，中间层为王宫部和城市街道，最下层为黑色不明石头所构成的半球体，内部为拉普达中枢和只有王家才得以进入的拉普达圣城。
中枢部有着超巨大正八角型飞行石作为全城的动力和漂浮来源，并设置有用同样用黑色石头做成的控制台，用以进行各种操作，所有的石板操作都要使用希达身上配戴的飞行石来进行触碰感应。
拉普达本身也具备战略攻击能力，攻击方式是利用黑色半球体最下方的七座石柱集中能源向正下方射击，其威力等同现今的小型核子兵器，此外中枢部还收纳相当多的机器人兵以用来进行区域压制任务。
正在希达和巴斯跟着机器人参观拉普达之时，抓住了海盗们的穆斯卡，也来了。
带领着军队，穆斯卡抓住了希达，并迫使她跟自己一起进入中央控制室，启动黑石碑上的文字，即将开始他称霸世界的野心。
一场争斗，希达抢回飞行石。
最后，为了阻止穆斯卡的野心，她念起毁灭一切的咒语。
拉普达解体，邪恶和助纣为虐的武器系统一同化为大气层的火球，坠入海中。
而使拉普达漂在空中的巨大飞行石结晶，载着拉普达的生命之树，上升到天空的尽头。
故事讲完，平香流樱发呆。
三三口中的蔚蓝的天空和浓浓的白云，将紧张激烈的尖锐冲突淡化得耐人寻
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